Почему Хрущев подвергал РПЦ гонениям но не трогал ислам в 1950 е годы?

Нипочему, ибо сам термин "гонения" в данном случае неуместен. Ни в отношении РПЦ, ни в отношении ислама или ещё чего бы то ни было.

Что конкретно происходило?

Например, постановили сократить площадь земельных угодий, используемых монастырями. Запретили использование при обработке этих угодий, а равно и в различного рода монастырских, храмовых мастерских наёмной занятости, а равно и добровольно-принудительных работ силами паломников. Законодательно уравняли цены на церковные свечи и на те, что производились на обычных предприятиях и в мастерских (раньше первые стоили дороже, с наценками до 15 раз).

Очевидно совершенно, что в любой стране при непредвзятом руководстве завышение цен где-либо на 1500% в сравнении с другими местами будет немедленно предметом антимонопольного контроля как минимум. Как максимум, будет классифицировано в качестве мошенничества.

Отмена привилегий никак не может быть охарактеризована как преследования.

Что касается образовательных учреждений, общественных организаций, телевидения, радиовещания и кинематографа, то там государство вправе делать всё, что посчитает нужным, не спрашивая ничьего мнения.

Что касаемо ислама, то аналогичные меры в отношении него просто менее известны, да и сам он был на порядок менее значим...

Потому что был русофобом, недалеким человеком, мстительным самодуром и мракобесом. Ему мало на глаза попадались мечети, но православные церкви он видел ежедневно.