Куда жаловаться на налоговую инспекцию?

В прокуратуру конечно - именно туда обращаются когда законность нарушается.

Или же можно обратится в суд (но это уже не жалоба должна быть, а иск)

Хотя всё зависит от того в чем причина и на что жалоба, возможно стоит обратится просто к вышестояшему начальству сотрудника, или отдела на который вы хотите жаловаться.

Механизм

подачи жалобы на налоговую инспекцию

зависит от того, на что есть желание пожаловаться.

• по общему правилу, для начала лучше обратиться в вышестоящие органы, отвечающие и за организацию работы нижестоящих подразделений.
• на злоупотребления должностным лицом, нарушения законодательства можно написать жалобу в прокуратуру района по месту нахождения конкретного подразделения налоговой службы.
• можно обратиться в Управление Федеральной налоговой службы, выбрав, куда конкретно написать жалобу (в местное отделение, региональное или вообще в центральный аппарат).