Почему Глеб Жеглов презирал Ивана Сергеевича Груздева?

Вы правы, действительно презирал. Почему? Это, быть может, не совсем осознанная социальная неприязнь. Глеб Жеглов постоянно рискует жизнью, работает порой круглые сутки, имеет заслуги и орден. Но при этом у него нет собственного жилья, зарплата небольшая, даже с едой трудности (просит сахар у коллеги). А тут чистоплюйчик в хорошем костюмчике, с квартирой и приличным жалованием, при этом трудится каким-то микробиологом (это что еще за профессия такая?). У Груздева все хорошо и приятно, но, по мнению Жеглова, явно не по заслугам. А Груздев вместо благодарности обществу и государству за такую заботу жену пристрелил (как думает Жеглов). То есть для убежденного ревнителя справедливости и всеобщего равенства Жеглова этот Груздев, хотя и не буржуй, но недалеко ушел от буржуя. Вот потому Глеб Жеглов так охотно поддержал весьма сомнительную версию, что Груздев и есть убийца.

Вообще, с точки зрения исследователя, роман братьев Вайнеров "Эра милосердия", по которой, был снят фильм "Место встречи изменить нельзя", очень интересен в плане понимания послевоенного времени.

В частности, и тот факт, почему Жеглов презирал Груздева.

В романе не сказано точно, из какой семьи происходил Глеб Жеглов. Но обратите внимание, насколько виртуозно он играет на пианино. То есть, можно предположить, что происходит Глеб Егорович из вполне интеллигентной семьи. Тем не менее, Жеглов избрал для себя не путь классического интеллигента - врача, учителя или инженера. Он пошел служить в УгРо, очищая Москву от различной уголовной сволочи. При этом, у Жеглова небольшая зарплата, нет квартиры, а только койка в общежитии, и работает он, порой, круглые сутки. И безопасной, его работу, точно не назовешь.

В то же время, Груздев, по всей видимости, так же, потомственный интеллигент, врач, вероятно, занимающийся научной работой (микробиолог), поначалу ведущий себя с некоторым снобизмом, имеет хорошую отдельную квартиру, не бедствует, находится в процессе размена квартиры с одной супругой, но при этом, уже живёт с другой женщиной. В книге не упоминается - принимал ли Груздев участие в войне, откуда у него наградной пистолет, и откуда у Ларисы Груздевой, такие дорогие, по тем временам, вещи, и приличная сумма денег.

При таких вводных, вряд ли, он мог бы вызвать симпатию у Жеглова, образ жизни которого, сильно отличается от образа жизни Груздева.

Эти два персонажа, по факту, очень разные.

Сначала Жеглов (в силу, как он был железобетонно уверен, хрестоматийности ситуации) выказывал "профессиональные" презрение и ненависть к преступнику, совершившему самое страшное - убийство, да еще жены (пусть бывшей), к тому же отягощенное ограблением. Другое дело, что потом, когда оказалось, что "мы были неправы, подозревая вас" (как то говорил полковник Панков, извиняясь за всю следственную группу), он не нашел в себе силы не то что "отбросить презрение", а вслух признать свою неправоту и лично извиниться перед Груздевым - его душила досада за свой прокол и извиняться за него ему казалось ниже достоинства и означало бы потерю лица. (А если бы (представим себе такой вариант) Груздев все же был виновен, то ("при прочих равных") обращение с ним Жеглова не показалось бы излишне грубым, а его презрение и ненависть были бы вполне оправданными).